Das Agouti-Gen beeinflusst beim Pferd, wo schwarzes Pigment im Fell sichtbar wird. Es wirkt vor allem bei Tieren, die aufgrund des Extension-Locus überhaupt schwarzes Pigment bilden können. Bestimmte Agouti-Varianten begrenzen dieses schwarze Pigment auf sogenannte Points wie Mähne, Schweif und untere Beine. Dadurch kann aus einer genetisch schwarzen Pigmentgrundlage ein braunes beziehungsweise bayfarbenes Erscheinungsbild entstehen.

Bei einem Fuchs ist die Wirkung des Agouti-Locus äußerlich nicht zu erkennen, weil dort kein schwarzes Fellpigment ausgebildet wird. Das Pferd kann die entsprechende Variante jedoch tragen und an Nachkommen weitergeben. Deshalb lässt sich der Genotyp nicht in jedem Fall sicher aus der sichtbaren Farbe ableiten.

Für die Zucht ist Agouti vor allem zusammen mit dem Extension-Locus interessant. Genetische Tests können klären, welche Farbvarianten ein Pferd besitzt und welche Kombinationen bei Nachkommen möglich sind. Agouti ist dabei kein eigenständiger „Farbname“, sondern ein wichtiger genetischer Schalter für die Verteilung schwarzen Pigments. Für die Farbvorhersage wird das Ergebnis deshalb immer gemeinsam mit weiteren relevanten Farbgenen des jeweiligen Pferdes interpretiert.