Das kleine Kolon folgt auf das große Kolon und gehört zum hinteren Abschnitt des Verdauungstrakts. In der Fachsprache wird ein Teil dieses Bereichs auch als absteigendes Kolon bezeichnet. Es ist deutlich schmaler als große Abschnitte des Großkolons und besitzt Aussackungen, in denen der Darminhalt weitergeformt wird. Seine Funktion wird dadurch besonders deutlich: Aus flüssigerem Darminhalt entsteht schrittweise der geformte Kot, der anschließend in das Rektum gelangt.

Während die intensive Faserfermentation vor allem in Blinddarm und großem Kolon stattfindet, hat das kleine Kolon eine wichtige Rolle bei der weiteren Rückgewinnung von Wasser und Elektrolyten. Der Darminhalt wird zunehmend eingedickt und zu den typischen Kotballen des Pferdes geformt. Anschließend gelangt er in Richtung Rektum.

Auch im kleinen Kolon können Verstopfungen auftreten, insbesondere wenn trockener oder schlecht passierender Darminhalt entsteht. Für das normale Funktionieren ist deshalb nicht nur die Faserqualität, sondern auch eine ausreichende Wasseraufnahme wichtig. Anatomisch bildet das kleine Kolon den Übergang vom großen Gärraum des Hinterdarms zur Ausscheidung.