Der Mikrochip beim Pferd ist ein elektronischer Transponder, dessen Code mit einem geeigneten Lesegerät ausgelesen werden kann. Im europäischen Identifikationssystem wird er als physisches Kennzeichen verwendet und mit dem Datensatz sowie dem lebenslangen Identifikationsdokument des Equiden verknüpft. Dadurch lässt sich die elektronische Kennung einem bestimmten Tier zuordnen.

Die EU-Vorgaben enthalten technische Anforderungen an Transponder und ihre Codes. Bei der Kennzeichnung wird der ausgelesene Transpondercode im Identifikationsdokument und in der zuständigen Datenbank erfasst. Die Anwendung erfolgt durch dafür vorgesehene beziehungsweise autorisierte Personen nach den jeweiligen nationalen Regeln.

Die Mikrochipnummer darf nicht mit der UELN verwechselt werden. Der Transponder liefert einen elektronisch auslesbaren Kenncode; die UELN ist eine 15-stellige Lebensnummer, die auf die ursprüngliche Registrierungsdatenbank und die individuelle Kennung des Pferdes verweist. Im Equidenpass können beide Informationen zusammengeführt sein und ergänzen sich innerhalb des Identifikationssystems.

Ein Lesegerät zeigt nur den gespeicherten Transpondercode an; die zugehörigen Tierdaten werden über Dokumente und Datenbanken miteinander verknüpft.