Hinterdarmfermentation ist die mikrobielle Verdauung von Futterbestandteilen in Blinddarm und großem Kolon. Pferde besitzen selbst keine ausreichenden Enzyme, um Zellulose und andere schwer verdauliche Faserbestandteile vollständig zu spalten. Diese Aufgabe übernehmen Bakterien, Protozoen, Pilze und weitere Mikroorganismen des Darmmikrobioms. Die entstehenden Gase und Säuren sind normale Stoffwechselprodukte; entscheidend ist, dass Menge, Geschwindigkeit und chemische Bedingungen innerhalb eines stabilen Gleichgewichts bleiben. Eine abrupte Verschiebung der verfügbaren Nährstoffe kann diese mikrobielle Balance deutlich verändern.

Beim Abbau pflanzlicher Fasern entstehen unter anderem flüchtige Fettsäuren. Sie werden über die Darmwand aufgenommen und können einen bedeutenden Beitrag zur Energieversorgung leisten. Damit kann das Pferd Nährstoffe aus faserreichem Raufutter nutzen, obwohl es nur einen einfachen Magen besitzt.

Die mikrobielle Gemeinschaft reagiert empfindlich auf die Zusammensetzung der Ration. Gelangen große Mengen Stärke unverdaut aus dem Vorderdarm in den Hinterdarm, können sich Fermentationsmuster und pH-Wert verändern. Gleichmäßige Fütterung, ausreichend Raufutter und angemessene Mengen stärkehaltiger Futtermittel unterstützen deshalb stabile Bedingungen für die Hinterdarmfermentation.